Die Geschichte der Entwässerung in der Krummhörn ist eng mit der Besiedlungsgeschichte der Region verbunden. Seit dem Mittelalter kämpften die Menschen hier gegen die ständige Bedrohung durch Hochwasser und Sturmfluten. Um das 12. Jahrhundert begannen die Menschen mit dem Bau von Deichen, um ihre Siedlungen vor dem Meer zu schützen. Im Laufe der Zeit wurden diese Deiche immer weiter ausgebaut und erhöht. Neben den Deichen wurden auch Gräben und Kanäle angelegt, um das Wasser durch Siele aus dem Land zu leiten. Bei Ebbe öffnet sich das Sieltor und das Wasser aus dem Binnenland fließt in die Nordsee ab. So wird das landseitige und überschüssiges Wasser abgeleitet und der Wasserspiegel gesenkt. Bei Flut schließt sich das Sieltor, um zu verhindern, dass Salzwasser in das Binnenland gelangt und es überflutet. Diese ersten Entwässerungsmaßnahmen waren allerdings noch relativ einfach und unorganisiert. Rechts ist das Alte  Greetsier Sieltor im geöffneten und geschlossenen Zustand zu sehen.

 Im 16. Jahrhundert kam es zu einem deutlichen Fortschritt in der Entwässerungstechnik. Nun wurden Windmühlen eingesetzt, um das Niederschlagswasser dem Land zu pumpen. Diese Technik ermöglichte es, größere Landflächen zu erschließen und für die Landwirtschaft zu nutzen. Im 19. Jahrhundert wurden dann für Planung, Bau und Unterhaltung der Entwässerungsanlagen die ersten Entwässerungsverbände gegründet. Um die Entwässerung weiter zu verbessern, wurden im 19. und 20. Jahrhundert umfangreiche Meliorationsmaßnahmen durchgeführt. Dazu gehörten unter anderem die Vertiefung und Begradigung von Gräben und Kanälen sowie der Bau von Drainagen. Dazu wurde 1894 der "Verbande zur Entwässerung der Krummhörn" und 1955 der "Entwässerungsverbandes Emden", der weite Teile der Krummhörn entwässert, gegründet.

Mit Hilfe moderner Technik, wie z. B. Schöpfwerken die zunächst mit Dampfmaschinen und später mit Elektromotoren betrieben wurden, konnten im 20. Jahrhundert die Entwässerungsmaßnahmen noch weiter verbessert werden.

Auch heute noch ist die Entwässerung eine wichtige Herausforderung für die Menschen in der Krummhörn. Die Deichbauarbeiten in der Krummhörn sind ein wesentlicher Bestandteil des Hochwasserrisikomanagements und des Küstenschutzes in der Region.

Sie schützen nicht nur die Menschen und die Infrastruktur in der Region, sondern auch die wertvollen landwirtschaftlichen Flächen vor Überflutungen. Die Sollhöhe der Hauptdeichlinie wird in regelmäßigen Abständen überprüft und die Abmessungen der Deiche falls erforderlich angepasst.

Seit 2010 wurden die Hauptdeiche der Deichacht Krummhörn über eine Länge von 20 Kilometer entlang der Außenems und im Hafen von Emden sowohl erhöht als auch verstärkt. Die Hauptdeichlinie der Deichacht Krummhörn ist ca. 51 Kilometer lang und schützt das 47.800 Hektar große Verbandsgebiet wirksam vor Überflutung durch Sturmfluten. Die Deichlinie verläuft vom Außensiel Borssum an der Ems, südöstlich der Stadt Emden, entlang der Außenems über die vor 30 Jahren fertiggestellte Ausdeichung Leyhörn und Greetsiel bis kurz vor Leybuchtsiel im Bereich der Stadt Norden.

Das Gebiet wird entwässert durch die Schöpfwerke in Greetsiel, an der Knock und in Emden-Borssum sowie durch zahlreiche Unterschöpfwerke und Siele.